FC Hiiumaa är en estnisk fotbollsklubb från ön Hiiumaa. Klubben grundades 2008 och spelar för närvarande i II liiga, den tredje divisionen i Estlands fotbollssystem.

FC Hiiumaa har vunnit den estniska cupen två gånger, 2012 och 2014. Klubben har också tävlat i UEFA Europa Conference League vid ett tillfälle, 2023-24.

FC Hiiumaa är känt för sitt starka försvar och sin förmåga att vinna matcher med knappa marginaler. Klubben har en lojal fanskara som alltid är redo att stötta laget, både hemma och på bortaplan.