FC Arukula är en estnisk fotbollsklubb från Aruküla i Raplamaa län. Klubben grundades 1990 och spelar för närvarande i Esiliiga, den näst högsta divisionen i estnisk fotboll.

FC Arukula har vunnit det estniska cupen två gånger, 2007 och 2008. Klubben har också spelat i Europa League ett antal gånger, med den bästa prestationen i den tredje kvalomgången 2008.

FC Arukulas hemmaarena är Aruküla stadiono, som har en kapacitet på 500 åskådare. Klubbens färger är blå och vit.