FK Kukësi, Futboll Klub Kukësi, är en fotbollsklubb från den albanska staden Kukës. Klubben är även känd som Përparimi Kukës. Klubben spelar för närvarande i Albaniens högsta liga Kategoria Superiore. Man slutade säsongen 2012/2013 tvåa och fick därmed spela Europa League.
FK Kukësi bildades den 4 mars 1930 som Shoqëria Sportive Kosova. Mellan 1958 och 2010 gick klubben under namnet FK Përparimi.
I Europa League 2013/2014 tog sig klubben vidare från den första kvalomgången efter att ha slagit ut estniska Flora Tallinn. I den andra omgången ställdes man mot bosniska FK Sarajevo som man slog ut med sammanlagt 3–2. I den tredje omgången ställdes man mot ukrainska Metalurh Donetsk som man hemmaslog med 2–0. Säsongen 2013/2014 slutade klubben 2:a i Kategoria Superiore och kommer därmed att få spela i Uefa Europa League för andra året i rad.